教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

早在百年之前，土山湾孤儿院就开始了彩绘玻璃的制作和生产。由于彩绘玻璃的制作涉及到绘画技巧，因此花玻璃工场附设于图画馆。根据《徐汇纪略》的介绍：“近日新添彩绘玻璃，将人物鸟兽彩画于玻璃上，后置炉中煨炙，彩色深入玻璃内，永久不退，中国彩绘玻璃，此为 出品处。”可见，土山湾是国内彩绘玻璃制作和生产的鼻祖，产品主要供应全国各地的教堂。随着年代的更替，上海教区现有的圣堂中，除了洋泾浜天主堂保留有一部分的彩绘玻璃原物之外，其它所有的教堂都是通过翻修的机会复原或是新添了新彩绘玻璃。而洋泾浜天主堂的彩绘玻璃完全是舶来品，当时的土山湾还没有制作和生产彩绘玻璃的技术。
彩绘玻璃作为一种创意十足的艺术形式，最初的形成是依靠建筑结构系统的演变，哥特式教堂的肋梁，减轻了拱顶的重量，协调各构件之间的关系，将教堂重量转移到外部地基上，从而摆脱了厚重的墙体，减轻了建筑的负担，所有这些因素都使得大面积窗户得以实现
抗战开始，国内的经济形势急转直下，土山湾的业务也陷入了困境之中。为了维持孤儿院的运作，土山湾各部门不断拓展业务，甚至将其产品远销至非洲各地。我们曾在土山湾出版的广告单页中看到两张为澳门教堂设计的彩绘玻璃图样，一幅是圣母圣诞主题，另一幅是耶稣圣诞主题。几年前曾有机会亲往澳门朝圣，果然在澳门的主教座堂和主教山海崖圣母堂中见到了这两幅玻璃原物。
在餐厅的设计中引入了观光的概念。室内是澳门现代化和历史的缩影。私人餐厅“TATO”的设计灵感来自地标性建筑澳门塔。餐厅柜台呈半圆形，围绕着一根柱子，形成类似于观景台的结构。柱顶延伸至天花板并向外辐射，形成象征天空的空中图案。另一方面，主餐厅则是对澳门历史的一种揭示。圣保罗遗址、议事亭前地、葡式瓷砖、教堂彩色玻璃等建筑遗迹是关键的装饰元素。
对于教堂当中的彩绘玻璃，我们也是都有一点了解，但也仅仅是表面的了解，很多人都没有真正的看到过彩绘玻璃的真实样貌，毕竟在的互联网时代，大家也是足不出户，就可以了解到很多其他地方的事情