西罗马帝国灭亡后，欧洲进入了近千年政教合一的中世纪时期，教权统治使文化、哲学、科学、艺术等领域都附庸于神学。彩绘玻璃作为一种艺术形式在这个时期发展达到巅峰，在教堂装饰中运用空前。

大教堂内温暖的光线，神圣的氛围感，就来自这些无与伦比的美丽彩色玻璃窗。丰富的图案，多样性的雕塑，以及文物般的庄重感，构建了大教堂令人流连忘返的宗教之旅。
随着禁令的毁灭浪潮席卷而来，传统彩绘玻璃的技艺几乎失传，直到下一个世纪才被重新发现。19世纪初，英格兰天主教复苏，带动了中世纪教堂哥特式风格的复兴，约翰·罗斯金等人拥护“真正的天主教风格”。许多古老的教堂得到恢复，也促进了彩绘玻璃窗制作的复兴。法国许多教堂在大革命期间也遭到了破坏，从1824年开始，法国瓷器制造商开始生产彩绘玻璃以适应这个时代修复教堂的需求，有许多中世纪优美的彩绘花窗得到了恢复。
在法国教堂中以彩色玻璃著称的要属沙特尔大教堂为首；它的彩色玻璃是最富有特色的，是选用18幅画面用来衬托中间的一幅画面，这幅画面就是贝依·弗里埃尔圣母画，其余的画面则是阐述耶稣的事迹或是最后的晚餐等主题的，这些彩绘玻璃色彩调配富有对比性，富丽堂皇，美不胜收，是12世纪哥特式彩色玻璃画的杰出作品。
约克大教堂于1230年开始建造，直到1472年才完成，耗时大约242年。它是英国最大的教堂，是欧洲北部第二大的哥特式教堂，也是妥妥的约克地标。圣母堂最东端的“大东窗”是彩绘玻璃画家约翰．桑顿在十五世纪初的作品于1408年完成建造，大东窗也是世界上现存最大的中世纪彩绘玻璃。
古代埃及和罗马人都擅长制造小型的彩色玻璃制品。古代腓尼基在玻璃制造业中也占有重要地位，其中心产地是西顿和安条克等地。在公元4-5世纪的早期基督教教堂中，一些木质窗框中镶嵌有经雕琢过的雪花石膏，类似玻璃般的效果。公元7世纪，英国的教堂和修道院已经出现了彩绘玻璃窗。公元675年，圣本笃·波斯哥［］从法国引进工匠，为在芒克威尔茅斯建造的圣彼得修道院窗户进行着色。公元8世纪以后，伊斯兰世界的一些清真寺和公共空间也开始以彩色玻璃装饰，基本以纯粹的几何设计为主，包含花卉和文字图案，不表现人物形象和宗教偶像。