由于没有直射光进入建筑物，所有光线都经过彩色玻璃过滤，让整个大教堂处于一种绝对的静穆中，安静而从容不迫，更加具有中世纪信仰的神圣性。

抗战开始，国内的经济形势急转直下，土山湾的业务也陷入了困境之中。为了维持孤儿院的运作，土山湾各部门不断拓展业务，甚至将其产品远销至非洲各地。我们曾在土山湾出版的广告单页中看到两张为澳门教堂设计的彩绘玻璃图样，一幅是圣母圣诞主题，另一幅是耶稣圣诞主题。几年前曾有机会亲往澳门朝圣，果然在澳门的主教座堂和主教山海崖圣母堂中见到了这两幅玻璃原物。
这些彩色玻璃花窗是世界上保存最完整、最典型的中世纪彩色玻璃杰作。围绕着圣经故事，这些花窗描绘出近五千个拜占庭风格的人物，它使整个大教堂成为“一座彩色玻璃博物馆”。