而教堂的彩色玻璃，不仅给教堂内带来了光明，也给教堂笼罩上一种神秘的氛围。彩色玻璃上都是一些宗教故事，是为了当年一些不识字的信徒更直观地了解宗教而制作的。

罗源滨海堂的圣殿由1412平方米的双层玻璃幕墙围合而成，并有着107,707块的彩色玻璃。该设计希望唤醒人们对传统的教堂彩窗的记忆，然而局限的预算下，彩色玻璃需要达到最大程度的标准化来实现造价的控制。因此，建筑师选用了10乘10厘米的正方形彩色玻璃作为基础，色调从深蓝色渐变到淡黄色直至亮白色等共21种，其中局部视觉需强调的区域选用了4乘4厘米的白色磨砂玻璃。